تتم عملية تنظيف وتعقيم خزانات مياه الشرب والتخلص من جميع الرواسب والبكتيريا والجراثيم والطحالب التي تسبب الأمراض في مياه الخزان وإضافة مواد التعقيم الكيميائية، وذلك باتباع طرق ومواد التنظيف والتعقيم التي تتوافق مع المواصفات القياسية للصحة والسلامة.